Rappel de base pour comprendre : qu'est ce que la pharmacophore ?

Dans ce chapitre, nous évoquons les approches qui partent du principe que les propriétés recherchées sont entièrement encodées dans la structure chimique du composé d'intérêt. Le défi est alors de trouver une métrique qui permet de décoder et de quantifier la propriété recherchée. On tente donc d'établir des relations quantitative entre des structures chimique et des propriétés (ici de nature pharmacologiques). On parle d'approche QSAR, pour Quantitative Structure-Activity Relationship. Nous allons nous focaliser sur l'approche dite pharmacophore.

Un pharmacophore est l'ensemble des caractéristiques stériques et électroniques nécessaires pour assurer des interactions optimales avec une cible biologique et déclencher ou inhiber sa réponse.

De manière plus pragmatique, il s'agit des caractéristiques chimiques et physico-chimiques que devra posséder une molécule pour interagir de manière optimale avec sa cible pharmacologique.

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Pharmacophore de la benzodiazépine (en blanc) et de la non-benzodiazépine (en vert)

La figure représente la superposition de 2 molécules ayant des activités comparable sur un récepteur GABA. La molécule blanche représente le diazepam (benzodiazépine , aussi appelée valium) et la molécule verte représente la molécule CGS-9896 (non-benzodiazépine). Ces deux molécules n'appartiennent pas à la même famille chimique mais partagent le même pharmacophore. Le pharmacophore est représenté par des sphères, associées à des propriétés physico-chimiques disposées dans l'espace. Les sphères rouges sont des sites donneurs (H1) ou donneurs et accepteurs (H2/A3) de liaisons hydrogènes. Les sphères blanches sont des sites d'interaction non polaire (lipophile).

Le pharmacophore n'est donc pas une molécule, c'est une représentation en 3 dimensions des caractéristiques nécessaires pour générer une effet biologique. …

EDIT : j'oubliai merci pour l'initiative j'apprends plein de truc !

Oh my god je crois qu'on va vite devenir ami, je suis passionné par la relation structure-activité des psychotropes et la prédiction de nouvelles molécules de recherche ! J'utilise JSmol et mon domaine de profession est orienté psycholeptique (opioïde, benzodiazépine et apparentés).

Notamment en ce moment "Dans cette synthèse, nous décrivons la structure tridimensionnelle des mu-OR et delta-OR, et discutons ce que nous enseignent ces structures sur les mécanismes moléculaires de la reconnaissance des récepteurs OR par les ligands morphiniques antagonistes. Nous décrivons notamment l’organisation structurale des domaines extracellulaires à l’origine de la sélectivité de liaison des opiacés. "

Si cela t'intéresse :

Sébastien Granier
Med Sci (Paris) 28 (10) 870-875 (2012)
DOI: 10.1051/medsci/20122810016

[img width=600 height=762]/forum/uploads/images/1645/medsci20122810p870-fig2.jpg[/img] …

[quote=Spirit]Yo!

Sauf que je prend de la RITALINE, pas du CONCERTA.

Bon, ok, c'est le même principe actif, du Méthylphénidate, mais bon, je rectifie tout de même.

Mais contrairement à ton histoire, j'ai une bonne raison de prendre du MPH, étant TDAH.

J'ai également un suivi, et peu d'effets secondaires pour l'instant.

Donc tout va bien, mais merci.[/quote]
L'autorité de santé m'a informer que la forme libération immédiate de ritalinr chez l'adulte n'est plus autorisé depuis cet été. Ton addicto ne le sait pas ?

[quote=Equipe de PsychoACTIF]Aujourd'hui, l'OFDT (Observatoire français des drogues et des toxicomanies) et Psychoactif vous proposent de solliciter, via le forum, les services du dispositif de veille sur les substances SINTES (Système d'identification national des toxiques et substances) afin de faire analyser des produits ayant provoqué chez vous des[b] effets inhabituels et/ou indésirables[/b].


[large][u]Comment se passe la collecte sur Psychoactif ?[/u][/large]

Vous prenez contact avec un modérateur de Psychoactif, en écrivant à  l'adresse suivante modos@psychoactif.org, qui évaluera votre demande d'analyse.

Si elle est recevable, le modérateur vous orientera alors vers un questionnaire à  remplir en ligne (une trentaine de questions courtes nécessitant 10 min).

Vos réponses seront ensuite transmises à  la coordination nationale SINTES de l'OFDT qui validera définitivement la demande. Vous recevrez alors un message privé via Psychoactif ou un mail de Psychoactif vous indiquant si oui ou non votre produit peut être analysé. Si la demande est acceptée, des instructions seront jointes à  la réponse pour vous permettre d'envoyer votre produit.

Ainsi, vous seront transmis par ce message :
• un document à  imprimer ou à  recopier sur papier libre. Ce document portera un numéro nécessaire à  la traçabilité de votre échantillon,
• l'adresse à  laquelle vous devez envoyer votre produit.
Ensuite, à  vous de jouer, il faudra :
• mettre votre produit dans un sachet plastique à  fermeture zip propresi vous en possédez un ou dans un « caps » (paquet) en papier. Attention, ne pas utiliser de sachet ou « caps » déjà  utilisé pour le transport d'autres produits, cela fausserait automatiquement les résultats analyses.
• glisser le tout (produit + feuille imprimée ou recopiée) dans une enveloppe que vous affranchirez et libellerez à  l'adresse transmise par l'OFDT.

Enfin, toujours par message privé, les résultats d'analyse vous seront transmis dans des délais compris entre 5 jours et 30 jours à  compter de la réception de l'échantillon au laboratoire et suivant la nature de la substance à  analyser.


[large][u]Qu'est-ce que SINTES ?[/u][/large]

Le dispositif SINTES piloté par l'OFDT s'inscrit dans une perspective de santé publique et sert à  détecter la présence de substances particulièrement nocives contenues dans les produits illicites ou non régulés, mais aussi avoir une meilleure connaissance de leurs compositions et échanger de l'information à  ce sujet. Pour cela, des échantillons sont collectés puis analysés et enfin un résultat est transmis à  l'usager ayant fait la demande d'analyse.

Le recueil des échantillons est organisé dans un cadre réglementaire inscrit dans la nouvelle loi Santé de 2016 (article Art. L. 3411-7) et validé par la MILDECA (Mission interministérielle de lutte contre les drogues et les conduites addictives). Les analyses des produits, supposés nouveaux ou à  l'origine d'effets inattendus et/ou indésirables, sont effectuées par des laboratoires équipés des équipements les plus performants pour l'identification des substances.


[large][u]Est-ce que mon anonymat est garanti ?[/u][/large]

Oui. Vous répondez à  ce questionnaire de manière totalement anonyme. Les seules questions personnelles qui vous sont posées sont votre pseudo sur Psychoactif, la région dans laquelle vous habitez, votre âge, votre sexe et votre situation sociale. L'OFDT ne collecte aucune information numérique sur les personnes répondant aux questionnaires. L'ensemble des données obtenues ont pour objectif de documenter et suivre l'évolution de la consommation des drogues en France. Les synthèses de ces informations sont publiques.

Par ailleurs vous ne serez jamais en contact avec une personne de SINTES, c'est les modérateurs de Psychoactif qui se chargeront de relayer les message entre vous et SINTES.


[large][u]Est-ce que les informations transmises peuvent entraîner le classement d'une substance ?[/u][/large]

Les données obtenues sur les substances SINTES ne peuvent pas suffire à  une décision de classement. En vertu des traités internationaux, le processus de classement repose sur l'évaluation simultanée d'un grand nombre de critères dont, parmi les plus importants, les risques sanitaires, les risques sociaux, l'existence d'une criminalité organisée de grande échelle.
Cependant, l'OFDT, comme d'autres institutions nationales, peut être amené à  transmettre des informations (nombre de saisies et de collectes, statistiques en population générale ou dans des groupes spécifiques, données provenant d'autres États membres de l'Union européenne) à  l'autorité compétente, l'Agence nationale de sécurité du médicament, qui évalue la nécessité d'un classement. C'est finalement le Ministère des affaires sociales et de la santé qui entérine ou non la décision de classer.


[large][u]Je ne souhaite pas utiliser la plateforme Internet, existe-t-il un autre moyen de faire analyser mon produit ?[/u][/large]

Sachez que SINTES dispose d'un réseau de coordinateurs et de collecteurs en région que vous pouvez aussi solliciter pour une collecte de votre produit et un échange privilégié et anonyme avec des professionnels autour des produits et de vos usages. Voici ci-dessous la carte des coordinations et la liste des personnes à  contacter dans votre région.


[url=https://www.psychoactif.org/forum/image-reelle.php?code=1530/1530645359.jpg]Image: https://www.psychoactif.org/forum/uploads/images/1530/1530645359.jpg[/url]

Pour plus d'information sur le dispositif, veuillez consulter le site de l'OFDT en [url=http://www.ofdt.fr/enquetes-et-dispositifs/sintes/]cliquant ici.[/url][/quote]
Est-il possible de demander à analyser un échantillon d'une espèce végétale pour authentifier ? …

[quote=Mychkine]Yo
Merci de l'initiative, c'est plutot sympa.

Par contre, coquilles : a) l'azote fait 3 liaisons, et non pas 2 (Z=7).
b) La molecule representee n'est pas de l'oxybate de sodium mais de l'acide gammahydroxybutyrique (=pas sous forme ionique/saline en solution vu que le H sur l'oxygene a droite est tjrs lie).


Pis ca peut gagner en clarte je pense... Notamment je ne suis pas sur que les non-chimistes aient compris ce qu'est un cycle par ex. (Noyau c'est un peu abstrait comme terme j'trouve).

Fin bref j'critique mais j'apprecie quant meme :)

Pour te repondre en partie MG (ouais je hijack les reponses tavu), apres recherches c'est parce que la configurqtion electronique de base du phosphore (Z=15) est certes : 1s2 2s2 2p6 3s2 3p3 -> ce qui implique 3 liaisons possibles pour respecter la regle de l'octet

Mais elle peut devenir : 1s2 2s2 2p6 3s1 3p3 3d1 si un electron de la couche 3s est excite jusqu'a la couche 3d.

Dans ce cas, il y a alors 5 liaisons possibles, vu qu'on a maintenant 2 electrons celibataires de plus. Je suppose que le gain d'energie lie a l'excitation est compense par la plus grande stabilite que creent les liaisons supplementaires. Me semble aussi (pas sur) que la couche 3d est un peu plus basse que ce que la theorie initiale prevoit, ce qui facilite l'excitation de l'electron.[/quote]
C'est exacte, j'ai corrigé pour les liaisons de l'azote. Pour l'oxybate de sodium, c'est parce que c'est une dénomination commune qui regroupe l'acide gamma-amino-butyrique. Je voulais être sûre qu'on voit de quoi je parle :) …

[quote=Anonyme6525]Wow tu t'attaques à quelque chose de gros. Mais c'est très louable ! Si on pouvait instruire un peu les punkachiens ça ferai moins de personne qui croient que l'acide ça ronge les dents et que ça se transmet par la transpi ! Ca serai déjà pas mal haha :D[/quote]
Ahah merci, c'est d'ailleurs une des première choses qu'on montre en chimie !

Une solution initiale inoffensive peut devenir létale et une autre à la base létale, devenir inoffensive (en mélangeant des produits / acides / etc. dangereux pour l'homme tous).

Mais je n'ai pas la prétention d'instruire. Je serais déjà très heureux si cela peut informer un seul lecteur :)

[spoiler][u]Exercice simple :[/u]

[img width=300 height=300]/forum/uploads/images/1636/oxybate_de_sodium.png[/img]

On a ici de l'oxybate de sodium, ou GHB, ça se note C4H8O3 ok c'est trouvable sur internet. Mais ma question c'est pourquoi C4 ou O3 ? Pourquoi pas d'abord H8C4O3 ?

Si vous avez réussi à suivre, et êtes aller au bout de la lecture (déjà je vous en remercie sincèrement), pouvez-vous me donner les raisons d'avoir écrit GHB comme ça ?[/spoiler]